O CBAE tem como referência a experiência bem sucedida dos institutos de estudos avançados de universidades do mundo todo. Desde a década de 1980, as universidades brasileiras têm procurado encontrar seu próprio caminho na constituição destes centros produtores de ideias de vanguarda e de caráter interdisciplinar.

O modelo da universidade de Princeton, de 1930, que serviu de atração para o exílio produtivo de cientistas perseguidos pelo nazismo e teve Albert Einstein entre seus membros, foi evocado nas primeiras ideias lançadas para o Instituto de Estudos Avançados na USP, quando da preocupação na associação dos docentes, no acolhimento de professores exilados que retornariam com a anistia no ocaso da ditadura militar no início dos anos 80. Dali surgiu o IEA da USP em 1986, que serviu de referência para a criação subsequente de institutos similares em outras universidades.

Hoje, o Colégio faz parte do Fórum Brasileiro de Estudos Avançados (FOBREAV), que reúne institutos semelhantes de diversas universidades brasileiras, que estão desafiadas a pensar-se e pensar o papel da ciência e do conhecimento, assim como estão convocadas a contribuir para que a nação se pense e pense seu lugar no mundo.

O CBAE nasceu para ser um dos lugares privilegiados do exercício intelectual livre, mas nem por isso descomprometido: lugar do encontro da produção científica e da reflexão intelectual, da arte e da tecnologia, dos saberes acadêmicos e daqueles nascidos da experiência e cultura seculares de nosso povo, em sua múltipla e rica diversidade.