O CBAE organiza-se a partir de programas. Os que estão disponíveis no menu já se encontram em andamento, com níveis diferenciados no seus desenvolvimentos, sem prejuízo da proposição de novos programas, permanentes ou temporários.
Nos programas podem ser utilizadas várias ferramentas, acopladas à pesquisa, como organização de eventos e cursos, convite a pesquisadores visitantes, constituição de fórum de pesquisadores, produção de guias de fontes de pesquisa, publicação de artigos, relatórios e livros, além do foco na documentação e produção de acervos com sua publicização via tecnologia digital, atividade diferencial do CBAE.
Os projetos propostos neste momento para a consolidação do CBAE têm por objetivo alcançar uma pluralidade de temáticas e áreas disciplinares de tal forma a tornar-se o centro transdisciplinar que pretende ser. O que é fundamental para proporcionar um efeito de unidade entre diferentes especialidades de forma a poder representar a universidade como um todo; interagindo com programas de pós-graduação de diferentes áreas e representando a UFRJ em fóruns científicos interdisciplinares.
Tanto o efeito de representação quanto de atratividade no campo científico e cultural, fazem do CBAE um pólo para as atividades de pesquisadores de outras universidades, alavancando avanços nos referidos campos que transcendem a pertencimentos institucionais.