O Colégio Brasileiro de Altos Estudos organiza-se a partir de programas, que podem contar com diferentes ferramentas, acopladas à pesquisa, como organização de eventos e cursos, convite a pesquisadores visitantes, constituição de fórum de pesquisadores, produção de guias de fontes de pesquisa, publicação de artigos, relatórios e livros, além do foco na documentação e produção de acervos com sua publicização via tecnologia digital, atividade diferencial do CBAE.
Os projetos propostos neste momento para a consolidação do CBAE têm por objetivo alcançar uma pluralidade de temáticas e áreas disciplinares de tal forma a tornar-se o centro transdisciplinar que pretende ser. O que é fundamental para proporcionar um efeito de unidade entre diferentes especialidades de forma a poder representar a universidade como um todo; interagindo com programas de pós-graduação de diferentes áreas e representando a UFRJ em fóruns científicos interdisciplinares.
Tanto o efeito de representação quanto de atratividade no campo científico e cultural, fazem do CBAE um pólo para as atividades de pesquisadores de outras universidades, alavancando avanços nos referidos campos que transcendem a pertencimentos institucionais.