O Colégio Brasileiro de Altos Estudos foi instituído por iniciativa do reitor Aloísio Teixeira em 12 de agosto de 2004. Através da resolução 08/2004, aprovada por unanimidade no Conselho Universitário (CONSUNI), tornou-se órgão integrante do Fórum de Ciência e Cultura. Em 7 de setembro daquele ano, foi realizada uma sessão solene do CONSUNI no prédio do CBAE para a instalação oficial do novo instituto.
A partir dessa data começaram as discussões sobre o regimento e, em 8 de dezembro de 2005, o foi aprovado pelo Conselho. Concluída essa etapa, o primeiro diretor do CBAE tomou posse. O designado para essa missão foi Adilson de Oliveira, do Instituto de Economia. O professor fez parte da comissão de criação do Colégio junto dos professores Eduardo Portella, Moyses Nussenzveig, Heloisa Buarque de Hollanda, Beatriz Resende e Laura Tavares Ribeiro Soares.
O próximo passo foi uma reforma do prédio do Campus da Avenida Rui Barbosa, que anteriormente deu lugar à Casa do Estudante Universitário. Com a conclusão das obras, em 2009, o Colégio Brasileiro de Altos Estudos passou a concentrar todas as atividades nesse novo endereço.
Quadro de Diretores
2019- Atual
Ana Célia Castro
Professora Titular do Instituto de Economia IE-UFRJ; vice-coordenadora do Programa de Pós-graduação em Políticas Públicas, Estratégias e Desenvolvimento PPED-IE e do Instituto de Ciência e Tecnologia em Políticas Públicas, Estratégias e Desenvolvimento – INCT/PPED
2012 – 2019
José Sérgio Leite Lopes
Professor do Programa de Pós Graduação em Antropologia Social – Museu Nacional PPGAS/MN-UFRJ
Beatriz Maria Alasia de Heredia (Vice-Diretora)
Professora do Programa de Pós Graduação em Sociologia e Antropologia IFCS-UFRJ
2011 – 2012
Luiz Bevilacqua
Professor do Instituto Alberto Luiz Coimbra de Pós-Graduação e Pesquisa em Engenharia COPPE-UFRJ
2009 – 2011
Adilson de Oliveira
Professor do Instituto de Economia IE-UFRJ